В отличие от клюквы болотной, у клюквы крупноплодной ярко выражены два типа побегов стелющиеся и прямостоячие. Побеги более толстые и мощные. Если у клюквы болотной их толщина не превышает 1 мм, то у клюквы крупноплодной побеги имеют толщину 3—4 мм.

Стелющиеся побеги появляются в первый же год после посадки из нижних или верхушечных почек на черенке и отличаются энергичным ростом и способностью к ветвлению. За один год они могут достигать в длину 2 м. В местах соприкосновения с почвой стебель легко образует придаточные корни, растение приобретает дополнительный источник питания и быстро разрастается.

Прямостоячие побеги формируются со второго года вегетации из пазушных почек на стелющихся побегах и отличаются более мелкими, плотно расположенными и направленными под углом друг к другу листьями. В течение одного-двух вегетационных сезонов прямостоячий побег растет вертикально, без опоры.

По мере роста он либо подпирается массой подобных побегов, образуя плотный стеблестой, либо перегибается в нижней части.

В этом случае прямостоячей остается верхушка длиной 10—12 см. Многолетний прямостоячий побег в длину может достигать 30 см. Именно эти побеги в большинстве случаев выполняют роль генеративных, т. е. плодоносящих.